尽管目前许多企业单位都已经逐渐意识到环境污染带来的危害，也明白需要采取措施来保护环境，对于环保工程的建设也持支持的态度，但是因为环境保护工程在我国尚处于初级阶段，许多单位的决策管理者思想观念还存在滞后性，觉得尽管环保工作的确是要进行，但是实现全过程控制管理就没有必要了。
(二)环保工程全过程控制管理工作缺少足够保障
需要明白的是，环保工程全过程控制管理需要专业的人才与设备作为保障，但是以目前情况而言，大部分企业为了降低这方面的成本，能够投入到环保工程的人员与设备很少，并且无论是人员还是设备都存在不专业的问题，无法切实满足环保工程全过程控制管理的需求。另外，一些环保工程的人员还处于兼职的状态，无法全身心投入到这一工作中，大大降低了工作质量[2]。
(三)环保工程管理机制存在缺陷
环保工程管理机制存在缺陷主要体现在两个方面：首先，企业没能切实贯彻国家出台的政策方针;其次，企业自身在环保工程方面就缺少健全的管理制度，工程的监理作用也没发挥出应有的效果。目前大部分企业在处理污染问题时，还只是考虑如何处理排放的污染物，而很少去思考如何在源头降低污染物的出现。