交通事故是影响大桥运营安全和运营效益的重要因素之一。
建设方在初期便考虑到，相对于路基段而言，海中桥梁路段受雨、雾、风、浪潮等外界环境的不利影响更为严重，同时由于长距离的桥梁路段行驶，容易引起驾驶员视觉疲劳，更容易发生交通事故。如果交通事故的最后一道防线——防撞护栏的安全性能存在不足，很容易发生车辆越过护栏的情况，从而引发恶性事故。
“考虑到未来从桥上通行的双层大巴、集装箱车比较多，车辆重心高，一旦掉到海里，基本上难有生还可能。这就要求我们对护栏进行特别设计。”港珠澳大桥管理局安全环保部副部长郑向前告诉澎湃新闻。
经过一系列的研究和试验后，港珠澳大桥护栏采用四横梁结构的金属梁柱式护栏，护栏高度1.5m，斜H型立柱，立柱间距2m。
从位于北京昌平试验场的试验视频看，旅游大巴和私家车从近百米高的山上加速俯冲至平地后猛力冲向护栏，护栏扭曲变形但未断开。
用专业语言描述，设计方采用计算机仿真方法开发设计了一种金属梁柱式护栏，通过实车足尺碰撞试验验证防护能力达到520kJ（SS 级，即国内公路桥梁防撞墙等级的最高标准），各项指标均满足BSEN1317（关于道路防护体系的英国标准）评价标准的要求。
通俗一点讲，大桥护栏可以做到车辆以15度80公里时速撞向护栏后不会冲破护栏坠海。
长达6.7公里的海底隧道，是中国乃至世界建设的规模最大的公路沉管隧道和世界罕见的深埋沉管隧道，也是港珠澳大桥工程中实施难度最大的部分。
中国桥检车租赁网网民提供:海底隧道消防系统包含了消火栓、灭火器、泡沫-水喷雾联用系统等灭火设施。
“一旦出现火情，如果不及时处理，火势蔓延发生燃烧爆炸，对沉管隧道将造成难以估量的影响。”港珠澳大桥管理局安全环保部副部长郑向前告诉澎湃新闻，因此隧道特意增加了泡沫-水喷雾联用消防系统。火灾发生时，所在区域水喷雾泵及泡沫液泵将被启动，向隧道泡沫-水喷雾联用系统供水、供水成膜泡沫液用于灭火。
据工作人员介绍，当火灾发生时，监控大屏会第一时间自动弹出着火点、中央管廊、隧道出入口的视频监控图像，当监控人员在集成监控系统上确认火灾事件后，消防灭火系统将按预设方案启动联动消防模式。
所谓联动，也就意味着，不仅泡沫-水喷雾联用设备、消防泵、气体灭火装置、防火门将被启用，同时，防排烟风机、排烟阀、可变信息标志、疏散标志、声光警报器、隧道广播、应急照明等一系列设备都将即时发挥作用。
以制度保营运
应对工程技术和海上安全的挑战只是港珠澳大桥面临的初期考验，高效专业的营运管理是大桥能够真正成为粤港澳大湾区“脊梁”的保证。
港珠澳大桥提出的营运管理目标是“为用户提供优质服务，运营世界级品牌，创造社会和经济价值”。
港珠澳大桥管理局营运管理部副部长张鸣功的解释是，在传承港珠澳大桥优质精湛的工程实体和先进完善的硬件设施的基础上，管理局希望进一步传承和发扬港珠澳大桥精神，推广和拓展大桥管理品牌，着力提升营运服务质量，使大桥成为全国乃至全世界的行业管理示范项目。
尽管目前尚未有明确的通车时间表，但通车前的模拟运行，成了营运管理人员争分夺秒练兵的机会。
在位于西人工岛的监控中心，监控人员要对车辆、人员上桥进行视频监控，对大桥出入口隧道进行管控，对于他们的培训也在跟进。
港珠澳大桥管理局监控中心副主任宋小东告诉澎湃新闻，模拟运行期间，监控人员能够熟悉工作内容，发现系统的缺陷并向技术部门提出调整建议，而专业培训也更加有的放矢。
“第一轮培训后，我们发现部分员工还不敢操作消防联动系统，不敢打开风机，第二轮就会要求深入培训，上岗实操。”宋小东说。
事实上，模拟运行的内容繁复具体，涵盖了收费业务、票管业务、调度业务；路政业务、拯救业务、监控业务；养护保洁业务、养护巡查业务、安保业务；后勤保障业务等。
中国桥检车租赁网网民提供:经过培训上岗的各岗位人员按各自职责开展相关营运业务工作，对各项设施、设备、系统进行测试应用，模拟各项营运业务运作，并做好相应运行记录和提交优化建议。
这些记录和建议，将形成每天的营运快报。更重要的是，通过模拟运行，营运管理人员要对设备、设施、系统、流程进行完善优化，并修订管理制度。
“长期化、常态化的营运业务作业更需要以制度约束来保障管理高效率和服务高水准。”张鸣功强调，为此大桥管理局制定了一系列制度体系文件。
据其介绍，在管理层面，大桥管理局就拟定了四级管理制度文件，明晰各业务界面职责管理程序和服务标准，规范员工行为准则。
一篇总纲要，又分为“营运管理”、“养护维修”、“HSE管理”、“品牌建设”、“信息化建设”、“科技与创新”六篇管理纲要，而后是39篇办理办法，第四级则是各业务管理细则。
在技术层面，大桥管理局则针对项目工程特性及养护作业的复杂性，建立并逐步完善工程养护技术文件，量化作业指导标准，规范操作流程，为作业人员及养护合作单位提供维护作业及决策依据。